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高效的60-120 bp短片段cfDNA文库构建
简介:从血浆中分离的cfDNA(游离DNA)能够在创新式的非入侵条件下提供极具价值的基因组信息。cfDNA片段的大小主要集中于170bp,即缠绕一个核小体的DNA片段。越来越多的研究认为更短的cfDNA片段(40-170bp)保留着关于胎儿、肿瘤相关拷贝数变异和细胞起源的基因组信息(Jiang et al.,PNAS,2015; Snyder et al., Cell, 2016)。高通量测序技术(NGS)是一项非常灵敏和准确的技术,通过该项技术,我们可以对液态活检(LiquidBiopsy)中分离的cfDNA进行测序和分析,目前在科研和精准医疗领域已经有多项相关应用。
 
在cfDNA文库构建前,我们使用Pippin Prep全自动DNA片段回收仪(美国Sage Science公司)将人血浆cfDNA分选(size-selection)为小于160bp和大于160bp的两部分,并用小于1ng的筛选后片段构建文库(建库试剂盒选用美国Rubicon Genomics’ ThruPLEX Plasma-Seq)。作为对照,我们同时也用未分选片段大小的血浆cfDNA构建ThruPLEX Plasma-Seq文库。






结论:
 
根据我们的实验结果可以得出,使用Pippin Prep仪器分选小于170bp的cfDNA片段,能顺利构建插入片段集中于60-120bp的高度多样化cfDNA文库(108个单独分子),这些在70-110bp的片段相互间隔约10bp。值得注意的是,通过对照实验发现,建库前分选才可以显著富集小cfDNA片段,建库后分选并不能显著富集小cfDNA片段。
 
得益于Pippin Prep 精准片段分选技术和ThruPLEX Plasma-Seq 低于纳克级文库构建技术的结合,我们可以富集<160bp的cfDNA片段并建库。虽然小片段cfDNA的含量低于常规方法的检测极限,但我们的方法有效的改善了小片段cfDNA的获取。
 
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